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1、这两者的化学方程式不同。次氯酸HClO，次氯酸钠NaClO。

2、杀菌原理不同。次氯酸分解形成新生态氧，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病原微生物。

氯酸钠通过水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病原微生物。

3、它们的特性不同，次氯酸被用来杀死入侵的微生物病原体，也是先天免疫系统的一部分，无细胞毒性，作用后直接还原为水，无毒无害。

次氯酸钠水解的过程会产生游离氯，游离氯与有机物质结合，形成致癌物质。次氯酸钠属强碱性，会造成腐蚀损害、危害。